隶属中国农业科学院，全国唯一国家级棉花专业科研机构和全国棉花科研中心。该所以棉花技术的应用研究和应用基础研究为主，组织和主持全国性的重大棉花科研项目，着重解决棉花生产中的重大科技问题，开展国际棉花科技合作与交流，培养棉花科技人才，宣传推广科研成果与先进植棉技术。拥有包括中国工程科学院院士在内的一大批专家学者，先后荣获省部级以上成果奖励66项；培育了83个棉花新品种，累计推广面积占全国植棉总面积的25%，为促进我国棉花生产再上新台阶作出了积极贡献。